Innerhalb der Partei haben sich verschiedene thematische Arbeitsgruppen gebildet, die sich mit einem bestimmten Thema beschäftigen, beispielsweise mit der Bereitstellung von Informationsmaterial für Gewählte oder der Organisation von Veranstaltungen zu diesem Thema. Die GRÜNEN Freiburg haben drei Arbeitsgruppen: Gleichstellung, Energie und Biodiversität.